Settembre 2009. Un misterioso plico viene recapitato a Guido de Mola da parte del nonno recentemente defunto e a lui pressoché ignoto. All'interno l'uomo trova una lettera e due manoscritti, uno moderno e uno molto antico, all'apparenza di fattura rinascimentale. Addentrandosi nella lettura dei due testi, de Mola scopre che la sua famiglia da secoli è depositaria di un segreto, straordinario e terribile, che riguarda il filosofo Giovanni Pico della Mirandola, le sue esoteriche e inusitate Tesi e l'origine delle tre grandi fedi monoteiste, la cristiana, l'ebraica e l'islamica.

Galilea, anno 3793 del calendario ebraico. Da Nazareth e Gerusalemme, corre voce che sulla Terra cammini finalmente il Messia promesso dall'Antico Testamento, e ormai sono tante le persone che si affidano alle parole del popolano Gesù, figlio del falegname. È davvero così? Gesù è realmente il Dio incarnato? No, non lo è, ma a lui poco importa: grazie a quella convinzione, la gente lo ascolta, e dunque ha l'occasione per diffondere il più possibile la sua filosofia illuminata, matriarcale e rivoluzionaria. Troppo, per il governo romano, che ne ordina l'arresto. 

Questo luogo è il rifugio segreto del mio maestro, il pittore Michelangelo. Qui si è rifugiato mentre tutta Roma lo cercava. E qui, a volte, si riunisce con un gruppo di persone il cui scopo principale è la conoscenza. È una notte del 1534 quando Jacopo, che da grande vuole diventare un pittore, fugge da Pistoia e dal padre, che non condivide il suo sogno e lo vorrebbe costringere a lavorare in bottega.

Roma, 1903: la quiete della dolce notte estiva è turbata da un delitto perpetrato nel luogo più inviolabile, il Vaticano. Una guardia svizzera viene trovata morta insieme a una cameriera. Il vecchio papa ha le mani legate: indagini ufficiali solleverebbero un polverone, mettendo a repentaglio la credibilità della Chiesa. Ci penserà il Padre Eterno a punire il colpevole. Ma quel che Leone XIII vuole assolutamente impedire è che, dopo la sua morte, il soglio di Pietro sia occupato da una persona coinvolta nel crimine.

Quale segreto è sepolto nel deserto? Torino, 1799. Una serie di efferati omicidi, ap­parentemente legati agli ambienti esoterici e a una misteriosa loggia massonica, sta terrorizzando la cit­tà sabauda, occupata dagli austria­ci. Sui crimini indaga un professore di filosofia, Eugenio Caffarel, ri­trovatosi suo malgrado a lavorare come poliziotto, proprio a causa degli sconvolgimenti provocati dalle guerre. Il Cairo, Egitto. All'ombra delle piramidi, pochi giorni dopo la scoperta della stele di Rosetta, un altro antico segreto riaffiora dalle sabbie del deserto.

Palermo. Julien Brunner, docente di Geoscienze all'università di Losanna, mentre fa ricerche sul monte Pellegrino, s'imbatte in un cadavere sul cui petto sono stati incisi degli strani segni. Il passaporto di Brunner è in regola, ma a quanto pare Julien Brunner è morto la notte prima a Losanna. E il Brunner di Palermo sparisce nel nulla. Il giorno seguente, in una delle spiagge di Cefalù, vengono trovati i corpi di un uomo e una donna, vestiti con lunghe tuniche viola. Sul petto hanno segni simili a quelli della precedente vittima. Un rompicapo per il vicequestore Giovanni Barraco.

Mentre l'architetto Deotisalvi inizia a costruire la Torre di Pisa, viene rubato l'oro che anticamente rivestiva l'antico arco di trionfo della città: la porta Aurea. Inoltre la città è funestata da una serie di strani omicidi, su cui è chiamato a indagare il giovane perito legale Lanfranco, pupillo di Deotisalvi. Giorni nostri. Yasser Martani, autore di saggi storici, è convinto, grazie a una serie di ricerche, che il ladro che sottrasse l'oro fosse un notabile di Pisa e che quell'immensa fortuna sia ancora nascosta in città.

Venezia, 1761. Un ricco membro del Maggior Consiglio muore cadendo nel Canal Grande dalla finestra del suo palazzo. Tutto sembra far pensare a un omicidio passionale e il possibile colpevole è subito identificato dalle temute magistrature veneziane: Eliardo de Broglie, uno spiantato truffatore che, millantando di saper trasformare il piombo in oro, aveva circuito la moglie del defunto. Il giovane, fiutando il pericolo, riesce a fuggire grazie alla protezione di un'enigmatica nobildonna francese, Annika Stéphanie Brûlart, contessa d'Aumale.

Il giovane Caravaggio, arrivato da poco a Roma, comincia a lavorare nella bottega di Cavalier d'Arpino, famosissimo pittore tardo-manierista. Si dedica soprattutto a realizzare nature morte, cosa che detesta perché vorrebbe dipingere figure e mettersi alla prova con nuove sfide. Ma il Cavalier d'Arpino, oltre a dipingere, commercia anche in dipinti, soprattutto nel Nord Europa. E la sua bottega ne è piena. Ed è così che Caravaggio adocchia tra i nuovi arrivi una tavoletta di piccolo formato, opera di Hieronymus Bosch. Rappresenta una scena minuziosa e complicata.

Ducato di Milano, 1548. La dominazione spagnola sta devastando la città e il contagio, le malattie sembrano inarrestabili, regna la disperazione. Un unico impulso, in questo mondo allo stremo: sopravvivere. Ma la paura della peste, il dilagare della superstizione, l'incombere dell'Inquisizione, la brutale arroganza dei potenti diffondono rabbia e miseria, cancellando qualsiasi speranza per i più deboli. In questo clima di violenza Ludovico de Valois, arrogante e feroce vicario del Capitano di Giustizia, è l'uomo dal pugno di ferro.

Roma, 1516. Nella vita di Leonardo da Vinci c'è una donna, affascinante e misteriosa. Una donna con un dono speciale che, insieme alla sua bellezza, suscita le brame di uomini potenti. Leonardo fa di tutto per proteggerla e spera di riuscire presto a portarla con sé in Francia. Una notte, nei pressi di Castel Sant'Angelo, è testimone involontario di un omicidio.

Roma, settembre 1683. In una locanda nel cuore della Città Santa la morte improvvisa di un viaggiatore semina il panico: veleno o peste? Per paura del contagio, gli ospiti vengono rinchiusi in quarantena nelle proprie stanze. Tra loro c'è l'abate Atto Melani, ex cantante castrato e ora agente segreto del Re Sole, deciso a scoprire cosa si celi dietro quella strana morte. Atto dovrà scontrarsi con le reticenze e le paure degli altri ospiti, con lo spettro della peste che aleggia sulla locanda.

Anno 999. Il monaco Galdinius, insieme con altri due confratelli, decide di trasformare la torre di Torba, nei pressi di Varese, in un monastero. Con l'aiuto dei contadini locali e in particolare del longobardo Wilfredo, capo del villaggio vicino, il monastero diventa il fulcro attorno a cui rifioriscono il territorio circostante e la comunità. Per ottenere un supporto nelle numerose attività intraprese, Galdinius chiede e ottiene dalla madre badessa del vicino convento di Caira che otto delle sue monache si trasferiscano a Torba.

Venezia, maggio 1313. Mentre fervono i preparativi per la festa della Sensa, che culminerà con lo Sposalizio del Mare, l'acqua alta trascina in piazza San Marco i cadaveri di tre bambini crocifissi. Un anziano ebreo ingiustamente accusato dell'omicidio si toglie la vita in carcere, lasciando sul muro della cella una frase latina che non svela nulla. Ma allora perché si è dato la pena di scriverla con il sangue?

Bologna, dicembre 1311. Mondino de' Liuzzi, medico anatomista, viene incaricato dal podestà di far luce su una morte strana e orribile: un membro del Consiglio degli Anziani è stato rinvenuto carbonizzato in casa sua, eppure nella stanza nulla fa pensare a un incendio. Perfino la poltrona su cui l'uomo era seduto è rimasta quasi integra, mentre il corpo è bruciato in modo irregolare. I piedi sono illesi, un braccio è interamente ustionato, tutto il resto è ridotto in cenere. Mondino fa trasportare le spoglie nel suo studio per esaminarle.