Milano, 1496. Leonardo da Vinci ha atteso con ansia quel primo incontro con frate Luca Pacioli, allievo di Piero della Francesca e illustre matematico. Entrato nella cella del frate nel monastero che lo ospita, nell'attesa che questi arrivi, Leonardo si sofferma su un dipinto che ritrae lo studioso. Un insieme di allegorie e di richiami alla geometria euclidea che lo colpisce infinitamente: di certo è stato il frate a scegliere ogni dettaglio.

Roma, 1473. All'ombra degli alti palazzi e delle basiliche secolari, Papa Sisto IV ha una sola ossessione: riprodurre nella Città Eterna il Tempio di Salomone, per riportare la Chiesa di Roma all'antico splendore. Ecco allora prendere forma il progetto grandioso della Cappella Sistina, che del Tempio di Gerusalemme ha le stesse misure. Ma per completare il suo piano, serve un simbolo di potere le cui tracce si perdono nel tempo e nel mito: la misteriosa melagrana d'avorio che ornava lo scettro del Sommo Sacerdote.

1265. Sono passati quindici anni da quando le strade di Yves le Breton e Umberto di Fondi si sono incrociate. Luigi IX "il Santo" regna in Francia, tormentato dal ricordo della disfatta di Mansura, mentre sul trono del Regno di Sicilia, insidiato dalle trame dei baroni, siede il figlio naturale di Federico II, Manfredi. Yves e Umberto sono invecchiati, l’uno schiacciato dalla responsabilità dell'officium, l'altro condannato a una solitudine impenetrabile.

Bologna, 1311. Un discepolo dello Studium trascina a notte fonda il cadavere di un uomo fino alla porta del suo maestro Mondino de' Liuzzi, medico e anatomista. L'uomo è stato ucciso in modo orrendo e nel torace, aperto con una sega, il cuore è stato trasformato in un blocco di ferro. Sedotto dalla possibilità di scoprire il segreto che ha consentito una simile trasmutazione, Mondino decide di aiutare il giovane che, proclamandosi innocente, gli rivela la sua vera identità.

Palermo. Julien Brunner, docente di Geoscienze all'università di Losanna, mentre fa ricerche sul monte Pellegrino, s'imbatte in un cadavere sul cui petto sono stati incisi degli strani segni. Il passaporto di Brunner è in regola, ma a quanto pare Julien Brunner è morto la notte prima a Losanna. E il Brunner di Palermo sparisce nel nulla. Il giorno seguente, in una delle spiagge di Cefalù, vengono trovati i corpi di un uomo e una donna, vestiti con lunghe tuniche viola. Sul petto hanno segni simili a quelli della precedente vittima. Un rompicapo per il vicequestore Giovanni Barraco.

Parigi, inverno 1302. Filippo il Bello, re di Francia, comanda l'armata più formidabile del mondo cristiano, ma il regno è sull'orlo della bancarotta. Per pagare i debiti di stato, il sovrano ha un piano che potrebbe costargli la scomunica: intende aggredire Firenze con un pretesto, per razziare le sue vaste riserve di fiorini d'oro. Ma non ha fatto i conti con Bonifacio VIII… La Signoria di Firenze, infatti, ha chiesto la protezione del pontefice, dal momento che in Vaticano abita la sola persona in grado di fermare il re di Francia.

Come molte sue coetanee, Irene è una ragazza sveglia e piena di vita, eppure c'è qualcosa che la rende davvero speciale: lavora come spia per conto di una società segreta - la Biblioteca Invisibile - e viaggia attraverso dimensioni alternative per recuperare libri oscuri e misteriosi, sconosciuti ai più. Ad affiancarla c'è il suo enigmatico assistente, il bel Kai, con il quale viene spedita in una Londra vittoriana per rintracciare un volume molto pericoloso.

Jacopo Brancas, detto Ticchie, è stato trovato morto dalla polizia. Ticchie, un classico topo di biblioteca, stava studiando "Historia Fiorentina", un vecchio manoscritto al cui interno si celerebbero delle sconvolgenti rivelazioni sulla morte del grande pittore Masaccio. Il tutto dovrebbe essere collegato a un quadro dell’artista, ‘La Sagra’, andato misteriosamente perduto. L'indomito avvocato fiorentino Corrado Scalzi si trova assegnato al caso e dovrà, ancora una volta, usare tutto il suo ingegno per risolvere l'enigma.

Gerusalemme è sotto attacco. Solo i cavalieri della croce possono salvarla. 1177 d.C. Un vento di guerra soffia verso la Terrasanta e tutto il regno di Gerusalemme teme un'immi­nente invasione da parte delle orde di Saladino. Voci, infatti, parlano di guerrieri saraceni che hanno già devastato con la loro furia città e villaggi. E così il panico si diffonde rapi­damente, come un male oscu­ro che serpeggia fino al trono di Baldovino, il re adolescente afflitto dalla lebbra.

La testa di Francisco Goya venne rubata dalla tomba in seguito alla sua morte. Nessuno ha mai saputo che fine avesse fatto. Fino a ora. Quando Leon Golding entra in possesso del cranio perduto del più famoso pittore spagnolo, è euforico. Ha dedicato la sua vita a risolvere il significato delle ombre nei dipinti di Goya. Finalmente la sua pazienza sarà premiata e il mondo dell'arte lo riconoscerà come uno tra gli studiosi più influenti del grande artista.

Il giovane Caravaggio, arrivato da poco a Roma, comincia a lavorare nella bottega di Cavalier d'Arpino, famosissimo pittore tardo-manierista. Si dedica soprattutto a realizzare nature morte, cosa che detesta perché vorrebbe dipingere figure e mettersi alla prova con nuove sfide. Ma il Cavalier d'Arpino, oltre a dipingere, commercia anche in dipinti, soprattutto nel Nord Europa. E la sua bottega ne è piena. Ed è così che Caravaggio adocchia tra i nuovi arrivi una tavoletta di piccolo formato, opera di Hieronymus Bosch. Rappresenta una scena minuziosa e complicata.

Bologna, dicembre 1311. Mondino de' Liuzzi, medico anatomista, viene incaricato dal podestà di far luce su una morte strana e orribile: un membro del Consiglio degli Anziani è stato rinvenuto carbonizzato in casa sua, eppure nella stanza nulla fa pensare a un incendio. Perfino la poltrona su cui l'uomo era seduto è rimasta quasi integra, mentre il corpo è bruciato in modo irregolare. I piedi sono illesi, un braccio è interamente ustionato, tutto il resto è ridotto in cenere. Mondino fa trasportare le spoglie nel suo studio per esaminarle.

Roma 1634. Il pontefice Urbano VIII riceve una lettera misteriosa: l'autore sostiene di volergli rivelare la chiave per decifrare i geroglifici e, forse, accedere così al sapere originario che Adamo avrebbe tramandato ai suoi discendenti. Il segreto sarebbe custodito nella trascrizione di un'antica stele perduta. Per evitare che cada nelle mani sbagliate, l'uomo ha smembrato il manoscritto e ne ha celato le varie parti dietro una serie di enigmi. Il papa si rivolge così al suo uomo più geniale, il gesuita Athanasius Kircher, inventore, illusionista e studioso.

Un castello avvolto nel mistero. Un folle medico creatore di mostri. E se non fosse soltanto una leggenda? Praga, 1605. Rodolfo II, imperatore del Sacro Romano Impero, vive nel suo eccentrico castello, circondato da collezioni d'arte meravigliose, alchimisti e imbroglioni.Mentre qualcuno a corte trama per detronizzarlo, l'attenzione dell'imperatore, sempre alla ricerca di continui stimoli per la sua fantasia malata, è catturata però da ben altro: un indizio che proverebbe l'esistenza del misterioso dottor Fasstolf. Ma chi è quest’uomo, che qualcuno nega sia mai vissuto?

"E se il pittore Bosch fosse stato uno stregone che parlava delle opere di Dio per confondermi? Se, per assurdo, Isabella fosse stata sua complice, e non una vittima dei suoi incantamenti? E se io stesso fossi stato preda di qualche sostanza che mi rendeva schiavo delle sue azioni?". Siamo all'inizio del Cinquecento e Giovanni Ciocchi, ai tempi in cui narra questa storia, è ancora molto lontano dal giorno del 1550 in cui verrà eletto papa e prenderà il nome di Giulio III.