Quale segreto è sepolto nel deserto? Torino, 1799. Una serie di efferati omicidi, ap­parentemente legati agli ambienti esoterici e a una misteriosa loggia massonica, sta terrorizzando la cit­tà sabauda, occupata dagli austria­ci. Sui crimini indaga un professore di filosofia, Eugenio Caffarel, ri­trovatosi suo malgrado a lavorare come poliziotto, proprio a causa degli sconvolgimenti provocati dalle guerre. Il Cairo, Egitto. All'ombra delle piramidi, pochi giorni dopo la scoperta della stele di Rosetta, un altro antico segreto riaffiora dalle sabbie del deserto.

Genova, 1502. Dal giorno in cui è stato ferito da un sicario che aveva il compito di uc­ciderlo, Martino Durante giace su un letto privo di sensi. Veglia su di lui Sofia, una mercenaria conosciuta a Milano che più volte lo ha tradi­to, ma che ora non si allontana mai dal suo capezzale. Luomo che vole­va la morte di Durante è Goffredo Landriani, un nobile milanese senza scrupoli, che in passato è stato osta­colato più volte da Martino.

Il giovane Caravaggio, arrivato da poco a Roma, comincia a lavorare nella bottega di Cavalier d'Arpino, famosissimo pittore tardo-manierista. Si dedica soprattutto a realizzare nature morte, cosa che detesta perché vorrebbe dipingere figure e mettersi alla prova con nuove sfide. Ma il Cavalier d'Arpino, oltre a dipingere, commercia anche in dipinti, soprattutto nel Nord Europa. E la sua bottega ne è piena. Ed è così che Caravaggio adocchia tra i nuovi arrivi una tavoletta di piccolo formato, opera di Hieronymus Bosch. Rappresenta una scena minuziosa e complicata.

La vita della quindicenne Sofia cambia per sempre il giorno in cui, giunta in Vaticano per mostrare al papa le sue abilità di spadaccina, riceve un'offerta incredibile dal grande inventore e artista Leonardo da Vinci: ufficialmente nuova modella del maestro, diventa in realtà la sua guardia del corpo. Il coraggio e l'intraprendenza di Sofia vengono messi alla prova quando Leonardo scopre che qualcuno ha rubato i disegni di alcune nuove e potentissime armi che sta progettando e decide di partire con lei all'inseguimento del ladro.

1220. Acri, Regno di Gerusalemme. Il cadavere di un giovane frate giace, orribilmente seviziato, ai piedi della cittadella degli Ospitalieri. Il priore dell'ordine, Enrico, incarica Bonaventura da Iseo, il geniale alchimista francescano appena giunto in città, di indagare su quanto è accaduto. Ben presto il frate comprenderà che dietro a quel delitto c'è la mano di un'antica setta, forse la stessa che ha tentato di ucciderlo in Italia.

Venezia, 1761. Un ricco membro del Maggior Consiglio muore cadendo nel Canal Grande dalla finestra del suo palazzo. Tutto sembra far pensare a un omicidio passionale e il possibile colpevole è subito identificato dalle temute magistrature veneziane: Eliardo de Broglie, uno spiantato truffatore che, millantando di saper trasformare il piombo in oro, aveva circuito la moglie del defunto. Il giovane, fiutando il pericolo, riesce a fuggire grazie alla protezione di un'enigmatica nobildonna francese, Annika Stéphanie Brûlart, contessa d'Aumale.

Palermo. Julien Brunner, docente di Geoscienze all'università di Losanna, mentre fa ricerche sul monte Pellegrino, s'imbatte in un cadavere sul cui petto sono stati incisi degli strani segni. Il passaporto di Brunner è in regola, ma a quanto pare Julien Brunner è morto la notte prima a Losanna. E il Brunner di Palermo sparisce nel nulla. Il giorno seguente, in una delle spiagge di Cefalù, vengono trovati i corpi di un uomo e una donna, vestiti con lunghe tuniche viola. Sul petto hanno segni simili a quelli della precedente vittima. Un rompicapo per il vicequestore Giovanni Barraco.

Burgos. Castiglia del nord. Il corpo straziato di una monaca viene trovato nel chiostro del monastero di Las Huelgas. Del delitto è accusata Fleur d'Annecy, una ragazza dall'oscuro passato, rifugiatasi lì con il figlio Ruggero. Il francescano Bonaventura da Iseo, noto alchimista, è chiamato dalla badessa a fare luce sull'accaduto. Se Fleur sostiene che l'assassino è un uomo misterioso, avvolto in un mantello rosso fuoco, Magnus, il terribile monaco inquisitore, è di tutt'altro avviso: è la ragazza, che ha evocato un demone nel monastero, la colpevole.

Venezia, maggio 1313. Mentre fervono i preparativi per la festa della Sensa, che culminerà con lo Sposalizio del Mare, l'acqua alta trascina in piazza San Marco i cadaveri di tre bambini crocifissi. Un anziano ebreo ingiustamente accusato dell'omicidio si toglie la vita in carcere, lasciando sul muro della cella una frase latina che non svela nulla. Ma allora perché si è dato la pena di scriverla con il sangue?

Bologna, dicembre 1311. Mondino de' Liuzzi, medico anatomista, viene incaricato dal podestà di far luce su una morte strana e orribile: un membro del Consiglio degli Anziani è stato rinvenuto carbonizzato in casa sua, eppure nella stanza nulla fa pensare a un incendio. Perfino la poltrona su cui l'uomo era seduto è rimasta quasi integra, mentre il corpo è bruciato in modo irregolare. I piedi sono illesi, un braccio è interamente ustionato, tutto il resto è ridotto in cenere. Mondino fa trasportare le spoglie nel suo studio per esaminarle.

È il 10 settembre 1314, e Bologna freme per il passaggio di una cometa - a detta di alcuni preludio di un luminoso domani, secondo altri il presagio dell'imminente apocalisse. Mondino de' Liuzzi, medico anatomista e accademico, sta per tenere una delicata lezione alla scuola di medicina quando in aula irrompe Rambertuccio, il capitano del popolo: un uomo è stato ucciso, ma prima di morire ha pronunciato il nome del medico, e Rambertuccio è convinto che stesse indicando il suo assassino.

Mentre l'architetto Deotisalvi inizia a costruire la Torre di Pisa, viene rubato l'oro che anticamente rivestiva l'antico arco di trionfo della città: la porta Aurea. Inoltre la città è funestata da una serie di strani omicidi, su cui è chiamato a indagare il giovane perito legale Lanfranco, pupillo di Deotisalvi. Giorni nostri. Yasser Martani, autore di saggi storici, è convinto, grazie a una serie di ricerche, che il ladro che sottrasse l'oro fosse un notabile di Pisa e che quell'immensa fortuna sia ancora nascosta in città.

"E se il pittore Bosch fosse stato uno stregone che parlava delle opere di Dio per confondermi? Se, per assurdo, Isabella fosse stata sua complice, e non una vittima dei suoi incantamenti? E se io stesso fossi stato preda di qualche sostanza che mi rendeva schiavo delle sue azioni?". Siamo all'inizio del Cinquecento e Giovanni Ciocchi, ai tempi in cui narra questa storia, è ancora molto lontano dal giorno del 1550 in cui verrà eletto papa e prenderà il nome di Giulio III.

Bologna, 1311. Un discepolo dello Studium trascina a notte fonda il cadavere di un uomo fino alla porta del suo maestro Mondino de' Liuzzi, medico e anatomista. L'uomo è stato ucciso in modo orrendo e nel torace, aperto con una sega, il cuore è stato trasformato in un blocco di ferro. Sedotto dalla possibilità di scoprire il segreto che ha consentito una simile trasmutazione, Mondino decide di aiutare il giovane che, proclamandosi innocente, gli rivela la sua vera identità.

Roma, settembre 1683. In una locanda nel cuore della Città Santa la morte improvvisa di un viaggiatore semina il panico: veleno o peste? Per paura del contagio, gli ospiti vengono rinchiusi in quarantena nelle proprie stanze. Tra loro c'è l'abate Atto Melani, ex cantante castrato e ora agente segreto del Re Sole, deciso a scoprire cosa si celi dietro quella strana morte. Atto dovrà scontrarsi con le reticenze e le paure degli altri ospiti, con lo spettro della peste che aleggia sulla locanda.