Genova, 1502. Dal giorno in cui è stato ferito da un sicario che aveva il compito di uc­ciderlo, Martino Durante giace su un letto privo di sensi. Veglia su di lui Sofia, una mercenaria conosciuta a Milano che più volte lo ha tradi­to, ma che ora non si allontana mai dal suo capezzale. Luomo che vole­va la morte di Durante è Goffredo Landriani, un nobile milanese senza scrupoli, che in passato è stato osta­colato più volte da Martino.

1220. Acri, Regno di Gerusalemme. Il cadavere di un giovane frate giace, orribilmente seviziato, ai piedi della cittadella degli Ospitalieri. Il priore dell'ordine, Enrico, incarica Bonaventura da Iseo, il geniale alchimista francescano appena giunto in città, di indagare su quanto è accaduto. Ben presto il frate comprenderà che dietro a quel delitto c'è la mano di un'antica setta, forse la stessa che ha tentato di ucciderlo in Italia.

Bologna, dicembre 1311. Mondino de' Liuzzi, medico anatomista, viene incaricato dal podestà di far luce su una morte strana e orribile: un membro del Consiglio degli Anziani è stato rinvenuto carbonizzato in casa sua, eppure nella stanza nulla fa pensare a un incendio. Perfino la poltrona su cui l'uomo era seduto è rimasta quasi integra, mentre il corpo è bruciato in modo irregolare. I piedi sono illesi, un braccio è interamente ustionato, tutto il resto è ridotto in cenere. Mondino fa trasportare le spoglie nel suo studio per esaminarle.

L'ultimo mistero dell'ordine sta per essere svelato. 1127. Nove cavalieri raggiungono l'abbazia di Clairvaux. Papa Onorio ii ha appena riconosciuto l'Ordine dei Templari, nato in Terrasanta a protezione dei pellegrini. I cavalieri che lo hanno fondato vogliono capire se si possa uccidere in nome di Cristo. Il frate Bernardo di Chiaravalle, raffinato teologo, li rassicura: non si tratta di omicidio, ma di malicidio.

Venezia, maggio 1313. Mentre fervono i preparativi per la festa della Sensa, che culminerà con lo Sposalizio del Mare, l'acqua alta trascina in piazza San Marco i cadaveri di tre bambini crocifissi. Un anziano ebreo ingiustamente accusato dell'omicidio si toglie la vita in carcere, lasciando sul muro della cella una frase latina che non svela nulla. Ma allora perché si è dato la pena di scriverla con il sangue?

Palermo. Julien Brunner, docente di Geoscienze all'università di Losanna, mentre fa ricerche sul monte Pellegrino, s'imbatte in un cadavere sul cui petto sono stati incisi degli strani segni. Il passaporto di Brunner è in regola, ma a quanto pare Julien Brunner è morto la notte prima a Losanna. E il Brunner di Palermo sparisce nel nulla. Il giorno seguente, in una delle spiagge di Cefalù, vengono trovati i corpi di un uomo e una donna, vestiti con lunghe tuniche viola. Sul petto hanno segni simili a quelli della precedente vittima. Un rompicapo per il vicequestore Giovanni Barraco.

È il 10 settembre 1314, e Bologna freme per il passaggio di una cometa - a detta di alcuni preludio di un luminoso domani, secondo altri il presagio dell'imminente apocalisse. Mondino de' Liuzzi, medico anatomista e accademico, sta per tenere una delicata lezione alla scuola di medicina quando in aula irrompe Rambertuccio, il capitano del popolo: un uomo è stato ucciso, ma prima di morire ha pronunciato il nome del medico, e Rambertuccio è convinto che stesse indicando il suo assassino.

Roma 1634. Il pontefice Urbano VIII riceve una lettera misteriosa: l'autore sostiene di volergli rivelare la chiave per decifrare i geroglifici e, forse, accedere così al sapere originario che Adamo avrebbe tramandato ai suoi discendenti. Il segreto sarebbe custodito nella trascrizione di un'antica stele perduta. Per evitare che cada nelle mani sbagliate, l'uomo ha smembrato il manoscritto e ne ha celato le varie parti dietro una serie di enigmi. Il papa si rivolge così al suo uomo più geniale, il gesuita Athanasius Kircher, inventore, illusionista e studioso.

Burgos. Castiglia del nord. Il corpo straziato di una monaca viene trovato nel chiostro del monastero di Las Huelgas. Del delitto è accusata Fleur d'Annecy, una ragazza dall'oscuro passato, rifugiatasi lì con il figlio Ruggero. Il francescano Bonaventura da Iseo, noto alchimista, è chiamato dalla badessa a fare luce sull'accaduto. Se Fleur sostiene che l'assassino è un uomo misterioso, avvolto in un mantello rosso fuoco, Magnus, il terribile monaco inquisitore, è di tutt'altro avviso: è la ragazza, che ha evocato un demone nel monastero, la colpevole.

Roma, 1516. Nella vita di Leonardo da Vinci c'è una donna, affascinante e misteriosa. Una donna con un dono speciale che, insieme alla sua bellezza, suscita le brame di uomini potenti. Leonardo fa di tutto per proteggerla e spera di riuscire presto a portarla con sé in Francia. Una notte, nei pressi di Castel Sant'Angelo, è testimone involontario di un omicidio.

La dura vita di bottegai, prostitute, schiavi ed ebrei del ghetto contrasta con l'abbagliante ricchezza della città lagunare, meta di mercanti provenienti da ogni parte del mondo per fare fortuna. Ma alla prosperità, si sa, si accompagna spesso la corruzione. In un'epoca in cui l'inganno, la malizia e la perversione prosperano al pari dell'arte e della filosofia, i lupi hanno vita facile. Sono individui spregiudicati, che si muovono famelici, fiutando le migliori opportunità per acquisire sempre più potere, coinvolgendo ignare pedine nelle loro oscure trame.

Roma, 1473. All'ombra degli alti palazzi e delle basiliche secolari, Papa Sisto IV ha una sola ossessione: riprodurre nella Città Eterna il Tempio di Salomone, per riportare la Chiesa di Roma all'antico splendore. Ecco allora prendere forma il progetto grandioso della Cappella Sistina, che del Tempio di Gerusalemme ha le stesse misure. Ma per completare il suo piano, serve un simbolo di potere le cui tracce si perdono nel tempo e nel mito: la misteriosa melagrana d'avorio che ornava lo scettro del Sommo Sacerdote.

1265. Sono passati quindici anni da quando le strade di Yves le Breton e Umberto di Fondi si sono incrociate. Luigi IX "il Santo" regna in Francia, tormentato dal ricordo della disfatta di Mansura, mentre sul trono del Regno di Sicilia, insidiato dalle trame dei baroni, siede il figlio naturale di Federico II, Manfredi. Yves e Umberto sono invecchiati, l’uno schiacciato dalla responsabilità dell'officium, l'altro condannato a una solitudine impenetrabile.

Settembre 2009. Un misterioso plico viene recapitato a Guido de Mola da parte del nonno recentemente defunto e a lui pressoché ignoto. All'interno l'uomo trova una lettera e due manoscritti, uno moderno e uno molto antico, all'apparenza di fattura rinascimentale. Addentrandosi nella lettura dei due testi, de Mola scopre che la sua famiglia da secoli è depositaria di un segreto, straordinario e terribile, che riguarda il filosofo Giovanni Pico della Mirandola, le sue esoteriche e inusitate Tesi e l'origine delle tre grandi fedi monoteiste, la cristiana, l'ebraica e l'islamica.

Gerusalemme è sotto attacco. Solo i cavalieri della croce possono salvarla. 1177 d.C. Un vento di guerra soffia verso la Terrasanta e tutto il regno di Gerusalemme teme un'immi­nente invasione da parte delle orde di Saladino. Voci, infatti, parlano di guerrieri saraceni che hanno già devastato con la loro furia città e villaggi. E così il panico si diffonde rapi­damente, come un male oscu­ro che serpeggia fino al trono di Baldovino, il re adolescente afflitto dalla lebbra.