Una serie di brutali omicidi a sfondo religioso sconvolge la Roma barocca, a pochi giorni dall'inizio del Giubileo del 1625. A tentare di risolvere l'intricato mistero, l'inquisitore Girolamo Svampa, un uomo scostante con un marchio a fuoco sul collo. Unico indizio, l'incisione di una danza macabra su un opuscolo libertino. Un uomo mascherato detto Capitan Spaventa potrebbe condurre sulla pista giusta, ma rintracciarlo non è facile.

Anno del Signore 1625. Mentre a Roma governa Urbano VIII, Milano è sotto il dominio spagnolo. Girolamo Svampa si reca nella città ambrosiana per indagare sulla sparizione di una benedettina, la figlia del suo fedele collaboratore Cagnolo Alfieri. Destreggiandosi in una ragnatela sempre fitta di misteri, Svampa s'imbatte in un ritrovamento sconcertante: il cadavere pietrificato di una religiosa.

Dotato di arguzia e di un formidabile spirito di osservazione, il giovane Vitale Federici, cadetto di Montefeltri, viene chiamato a indagare su un concatenarsi di delitti all'apparenza insolvibili. L'Italia di fine Settecento, tuttavia, si rivelerà presto ai suoi occhi come un insidioso gioco di apparenze, sotto il quale si celano le macchinazioni di aristocratici, religiosi e magistrati. Le città di Roma, Urbino e Venezia diverranno per lui autentiche trappole mortali, dalle quali potrà salvarsi soltanto grazie al lume dell'intelletto e all'arte della dissimulazione.

In molti sono disposti a tutto pur di scoprire il segreto che porta all'antica reliquia. Ferrara, 1347. Il cavaliere Maynard de Rocheblanche sta indagando sulla truce morte del monaco Facio di Malaspina, collegata alla ricerca del leggendario Lapis exilii. Per far luce sulla vicenda, Maynard deve accedere alla corte estense e guadagnarsi la fiducia del marchese Obizzo, signore di Ferrara. Intanto, nella vicina abbazia di Pomposa, l'abate Andrea assiste impotente alla fuga del suo protetto, il giovane miniaturista Gualtiero de' Bruni, diretto ad Avignone con la speranza di ritrovare la madre.

Cosa si nasconde dietro una reliquia di cui solo un monaco conosce il segreto? È l'agosto del 1346, quando il valoroso Maynard de Rocheblanche, sopravvissuto a una disfatta militare, entra in possesso di una pergamena con un enigma vergato. Quell'oscuro testo fa riferimento a una reliquia preziosa, avvolta nel mistero, il Lapis exilii.

È la primavera del 1227 e la regina di Castiglia è scomparsa in modo misterioso. Strane voci corrono per il regno e alcuni parlano di un intervento del Maligno. L'unico in grado di risolvere l'enigma è Ignazio da Toledo, grande conoscitore dei luoghi e delle genti grazie ai suoi numerosi viaggi tra Oriente e Occidente e alla sua capacità di risolvere arcani e antichi misteri. A Córdoba, dove Ignazio viene convocato, incontra un vecchio magister che gli parla di un libro che tutti stanno cercando.

Siamo nell'estate 1461 quando Angelo Bruni, ormai contrabbandiere e navigatore, abborda una nave proveniente da Avignone in cui si nasconde una spia che gli rivela un complotto ai danni del cardinal Bessarione. È così che Bruni decide di correre in soccorso del cardinale per, in realtà, derubarlo delle sue ricchezze con l'aiuto del ladro Tigrinus. Ma le cose non andranno come pianificato... Inseguimenti, catture, fughe rocambolesche: Tigrinus dovrà fare appello a tutta la sua astuzia per salvarsi e recuperare la Tavola di Smeraldo, il misterioso libro che tutti bramano.

Alghero 1460. All'ombra dei bastioni, un ricco ebreo tratta con l'agente di un uomo d’affari fiorentino, Teofilo Capponi, la vendita di un'informazione preziosissima: l'ubicazione di un favoloso tesoro risalente all'epoca di Carlo Magno. A Firenze, Bianca de' Brancacci, moglie di Capponi, ha saputo che a quel tesoro è misteriosamente legata la sparizione di suo padre. Decisa a scoprire la verità, chiede aiuto a una sua vecchia conoscenza: Tigrinus, il noto ladro legato a Cosimo de' Medici.

Firenze 1459. Un ricco mercante viene ucciso nella cripta di Santa Trìnita in circostanze misteriose, e dell'omicidio viene accusato Tigrinus, un ladro che ha assistito al misfatto. Barattata la vita con una perigliosa missione segreta, l'astuto ladro s'imbarcherà verso Oriente alla rocambolesca ricerca di un prezioso manoscritto su cui ha messo gli occhi Cosimo de' Medici. Quale sarà la vera identità del temibile abate nero che si nasconde nel monte Athos? E chi è veramente Tigrinus?

Sulle tracce di un manoscritto antichissimo, un mercante di reliquie attraversa Italia, Francia e Spagna nel Duecento...

Bologna, dicembre 1311. Mondino de' Liuzzi, medico anatomista, viene incaricato dal podestà di far luce su una morte strana e orribile: un membro del Consiglio degli Anziani è stato rinvenuto carbonizzato in casa sua, eppure nella stanza nulla fa pensare a un incendio. Perfino la poltrona su cui l'uomo era seduto è rimasta quasi integra, mentre il corpo è bruciato in modo irregolare. I piedi sono illesi, un braccio è interamente ustionato, tutto il resto è ridotto in cenere. Mondino fa trasportare le spoglie nel suo studio per esaminarle.

Bologna, 1311. Un discepolo dello Studium trascina a notte fonda il cadavere di un uomo fino alla porta del suo maestro Mondino de' Liuzzi, medico e anatomista. L'uomo è stato ucciso in modo orrendo e nel torace, aperto con una sega, il cuore è stato trasformato in un blocco di ferro. Sedotto dalla possibilità di scoprire il segreto che ha consentito una simile trasmutazione, Mondino decide di aiutare il giovane che, proclamandosi innocente, gli rivela la sua vera identità.

Venezia, maggio 1313. Mentre fervono i preparativi per la festa della Sensa, che culminerà con lo Sposalizio del Mare, l'acqua alta trascina in piazza San Marco i cadaveri di tre bambini crocifissi. Un anziano ebreo ingiustamente accusato dell'omicidio si toglie la vita in carcere, lasciando sul muro della cella una frase latina che non svela nulla. Ma allora perché si è dato la pena di scriverla con il sangue?

1220. Acri, Regno di Gerusalemme. Il cadavere di un giovane frate giace, orribilmente seviziato, ai piedi della cittadella degli Ospitalieri. Il priore dell'ordine, Enrico, incarica Bonaventura da Iseo, il geniale alchimista francescano appena giunto in città, di indagare su quanto è accaduto. Ben presto il frate comprenderà che dietro a quel delitto c'è la mano di un'antica setta, forse la stessa che ha tentato di ucciderlo in Italia.

È il 10 settembre 1314, e Bologna freme per il passaggio di una cometa - a detta di alcuni preludio di un luminoso domani, secondo altri il presagio dell'imminente apocalisse. Mondino de' Liuzzi, medico anatomista e accademico, sta per tenere una delicata lezione alla scuola di medicina quando in aula irrompe Rambertuccio, il capitano del popolo: un uomo è stato ucciso, ma prima di morire ha pronunciato il nome del medico, e Rambertuccio è convinto che stesse indicando il suo assassino.