Tuscania, Alto Lazio. Giulio Salviati sta aiutando Elena e una sua amica a inventariare la biblioteca di un vecchio maniero di campagna, quando la donna viene aggredita alle spalle da uno sconosciuto. Per fortuna si salva. Rovistando tra gli scaffali, Salviati scopre alcuni libri che parlano di indovinelli ed enigmi storici mai risolti. Tra questi c'è il celebre "Indovinello del re" che, nel XVI secolo, aveva fatto impazzire Rodolfo II di Boemia. La soluzione dell'enigma avrebbe condotto infatti alla leggendaria "Camera di giada", una camera segreta colma di pietre preziose.

Roma. Palazzo Barberini. È notte quando il custode vede apparire sul suo monitor una figura vestita di nero e intenta a suonare un organo. Pochi giorni dopo, vicino all'organo di una chiesa a Piazza Navona viene ritrovato il corpo senza vita di una donna. Giulio Salviati, scrittore noto per le sue abilità d'investigatore, viene coinvolto nello strano caso dal direttore del museo Barberini. Seguendo alcuni indizi lasciati dalla figura vestita di nero, Salviati si introduce nei sotterranei del museo, scoprendo passaggi segreti che collegano l'antico palazzo a negozi e botteghe romane.

Burgos. Castiglia del nord. Il corpo straziato di una monaca viene trovato nel chiostro del monastero di Las Huelgas. Del delitto è accusata Fleur d'Annecy, una ragazza dall'oscuro passato, rifugiatasi lì con il figlio Ruggero. Il francescano Bonaventura da Iseo, noto alchimista, è chiamato dalla badessa a fare luce sull'accaduto. Se Fleur sostiene che l'assassino è un uomo misterioso, avvolto in un mantello rosso fuoco, Magnus, il terribile monaco inquisitore, è di tutt'altro avviso: è la ragazza, che ha evocato un demone nel monastero, la colpevole.

Roma 1634. Il pontefice Urbano VIII riceve una lettera misteriosa: l'autore sostiene di volergli rivelare la chiave per decifrare i geroglifici e, forse, accedere così al sapere originario che Adamo avrebbe tramandato ai suoi discendenti. Il segreto sarebbe custodito nella trascrizione di un'antica stele perduta. Per evitare che cada nelle mani sbagliate, l'uomo ha smembrato il manoscritto e ne ha celato le varie parti dietro una serie di enigmi. Il papa si rivolge così al suo uomo più geniale, il gesuita Athanasius Kircher, inventore, illusionista e studioso.

Anno 999. Il monaco Galdinius, insieme con altri due confratelli, decide di trasformare la torre di Torba, nei pressi di Varese, in un monastero. Con l'aiuto dei contadini locali e in particolare del longobardo Wilfredo, capo del villaggio vicino, il monastero diventa il fulcro attorno a cui rifioriscono il territorio circostante e la comunità. Per ottenere un supporto nelle numerose attività intraprese, Galdinius chiede e ottiene dalla madre badessa del vicino convento di Caira che otto delle sue monache si trasferiscano a Torba.

Il giovane Caravaggio, arrivato da poco a Roma, comincia a lavorare nella bottega di Cavalier d'Arpino, famosissimo pittore tardo-manierista. Si dedica soprattutto a realizzare nature morte, cosa che detesta perché vorrebbe dipingere figure e mettersi alla prova con nuove sfide. Ma il Cavalier d'Arpino, oltre a dipingere, commercia anche in dipinti, soprattutto nel Nord Europa. E la sua bottega ne è piena. Ed è così che Caravaggio adocchia tra i nuovi arrivi una tavoletta di piccolo formato, opera di Hieronymus Bosch. Rappresenta una scena minuziosa e complicata.

Geremia Solaris ha cinquant'anni ma non ha ancora rimesso in sesto la sua vita: si attribuisce la colpa per la morte della moglie, non riesce a pubblicare il suo romanzo e la bottiglia di Chianti è l'unica amica fedele che gli è rimasta. Un giorno incontra un avvocato che intende assumerlo per conto di un uomo misterioso. Incuriosito, Geremia lo segue in una villa nel circondario di Firenze e qui incontra il conte Guidi, prossimo a morire, ma deciso a ritrovare suo figlio, sparito in circostanze misteriose.

Chi si nasconde dietro la società segreta che controlla i destini del mondo? Nel giorno dei funerali del primo ministro italiano, ucciso in un terribile attentato, il cadavere di un uomo con uno strano tatuaggio sul petto viene rinvenuto sotto un ponte ai piedi di Castel Sant'Angelo. L'indagine, affidata al pubblico ministero Lorenzo Fossati, si svolge in un clima surreale e sotto fortissime pressioni politiche, mentre nel partito di maggioranza cominciano le lotte per l'elezione di un nuovo leader.

Quale segreto è sepolto nel deserto? Torino, 1799. Una serie di efferati omicidi, ap­parentemente legati agli ambienti esoterici e a una misteriosa loggia massonica, sta terrorizzando la cit­tà sabauda, occupata dagli austria­ci. Sui crimini indaga un professore di filosofia, Eugenio Caffarel, ri­trovatosi suo malgrado a lavorare come poliziotto, proprio a causa degli sconvolgimenti provocati dalle guerre. Il Cairo, Egitto. All'ombra delle piramidi, pochi giorni dopo la scoperta della stele di Rosetta, un altro antico segreto riaffiora dalle sabbie del deserto.

1265. Sono passati quindici anni da quando le strade di Yves le Breton e Umberto di Fondi si sono incrociate. Luigi IX "il Santo" regna in Francia, tormentato dal ricordo della disfatta di Mansura, mentre sul trono del Regno di Sicilia, insidiato dalle trame dei baroni, siede il figlio naturale di Federico II, Manfredi. Yves e Umberto sono invecchiati, l’uno schiacciato dalla responsabilità dell'officium, l'altro condannato a una solitudine impenetrabile.

È notte fonda quando un bagliore accecante illumina la notte di Torino: la cappella del Guarini è in fiamme. Basta poco perché la tragica notizia si diffonda in tutto il mondo: la Sacra Sindone è andata distrutta. Quattro mesi dopo, in una Roma assolata e caotica, uno scandalo travolge il Vaticano: il colonnello Weistaler, comandante della Guardia svizzera, viene brutalmente assassinato il giorno del giuramento delle nuove reclute.

Il manoscritto di un esploratore del Settecento e un antico planetario: due oggetti che sembrano un regalo dall'oltretomba, ma che per il professor Laurenzi sono la prova che il figlio Angelo, archeologo scomparso fra le montagne del Mato Grosso, è ancora vivo. Convinto dal professore ad affrontare un'impresa ai limiti dell'impossibile, Charles Fort, direttore di un giornale online che indaga tutto ciò che è avvolto dal mistero, abbandona la sua casa bolognese e si mette in viaggio.

Venezia, 1761. Un ricco membro del Maggior Consiglio muore cadendo nel Canal Grande dalla finestra del suo palazzo. Tutto sembra far pensare a un omicidio passionale e il possibile colpevole è subito identificato dalle temute magistrature veneziane: Eliardo de Broglie, uno spiantato truffatore che, millantando di saper trasformare il piombo in oro, aveva circuito la moglie del defunto. Il giovane, fiutando il pericolo, riesce a fuggire grazie alla protezione di un'enigmatica nobildonna francese, Annika Stéphanie Brûlart, contessa d'Aumale.

Dotato di arguzia e di un formidabile spirito di osservazione, il giovane Vitale Federici, cadetto di Montefeltri, viene chiamato a indagare su un concatenarsi di delitti all'apparenza insolvibili. L'Italia di fine Settecento, tuttavia, si rivelerà presto ai suoi occhi come un insidioso gioco di apparenze, sotto il quale si celano le macchinazioni di aristocratici, religiosi e magistrati. Le città di Roma, Urbino e Venezia diverranno per lui autentiche trappole mortali, dalle quali potrà salvarsi soltanto grazie al lume dell'intelletto e all'arte della dissimulazione.

Bologna, 1311. Un discepolo dello Studium trascina a notte fonda il cadavere di un uomo fino alla porta del suo maestro Mondino de' Liuzzi, medico e anatomista. L'uomo è stato ucciso in modo orrendo e nel torace, aperto con una sega, il cuore è stato trasformato in un blocco di ferro. Sedotto dalla possibilità di scoprire il segreto che ha consentito una simile trasmutazione, Mondino decide di aiutare il giovane che, proclamandosi innocente, gli rivela la sua vera identità.