Tommi e i suoi amici sono in lotta per il loro primo scudetto aII. Issa, però, non ne combina una giusta e con i suoi errori sta facendo precipitare la squadra in fondo alla classifica. Come se non bastasse, Sara si è presa una cotta per il numero 10 dei Kappa, che l'ha convinta a lasciare la difesa... Riusciranno le Cipolline a superare tutte le difficoltà? 

Nella pausa invernale del campionato, mister Champignon organizza una vacanza in Spagna sulla mitica Cipo-line, che porta tutti, attraverso la Provenza, a Barcellona e poi a Madrid. Quale migliore occasione per riunire le vecchie Cipolline? Durante il viaggio si dimenticano le rivalità di campionato: gli amici ritrovano l'allegria di un tempo e giocano alcune fantastiche amichevoli contro i vecchi amici di Rafa, che faceva parte del Real Madrid. 

Comincia il girone d'andata del campionato regionale e i Cipo-K partono bene, anche se nello spogliatoio riaffiorano spesso le antiche ruggini tra i compagni un tempo awersari. Come se non bastasse, qualche fallo di troppo commesso da Achille e le prese in giro di Joao dopo la vittoria dei Dieci e Lodi sui Cipo-K creano malumore tra i ragazzi. Il fiore rischia di perdere i suoi petali... Anche per questo Champignon decide di organizzare una vacanza in Spagna durante la sosta invernale. Le Cipolline torneranno insieme per sfidare Real Madrid e Barcellona a casa di Rafa. 

Dopo il clamoroso errore di Issa nella finale di campionato, le Cipolline, che avevano già il titolo in pugno, devono giocarsi il grande spareggio con la rivale di sempre: l'Akkademia Blu. Per fortuna Sara si è finalmente ripresa dalla cotta per Angelo, il biondo numero 10 dell'Akkademia, e in campo torna a essere la tigre di sempre. Tommi, però, è bloccato fuori Milano per un imprevisto... Riusciranno i ragazzi di Champignon a battere Loris e i suoi compagni e a conquistare la tanto sognata coppa?

Il campionato regionale sta per cominciare e c'è già una sfida importante: la selezione dei giocatori per la nuova squadra. E poi le maglie... chi si aggiudicherà la mitica numero 9, quest'anno? Trovare una soluzione che non deluda nessuno è davvero difficile. Riusciranno i ragazzi di Champignon a restare uniti in un fiore solo e a non perdere petali?

Il campionato è iniziato e le Cipolline, con il Gatto in porta al posto di Spillo, hanno un nuovo allenatore: Jerome Champignon. Ma il fratello di Gaston vuole giocare solo per vincere e Tommi e i suoi compagni non vedono l'ora che il loro vero mister torni dall'Africa insieme a Issa, il ragazzino che lui e sua moglie hanno adottato.

Il campionato a sette giocatori è ricominciato e la rivalità tra le Cipolline è più accesa che mai! Le tigri di Sara, dopo un inizio disastroso, continuano l'inarrestabile scalata alla classifica, mentre le squadre di Tommi e Joao non vedono l'ora di affrontarsi nel derby dell'ultima giornata... A poche partite dalle semifinali, però, tutto può ancora accadere. 

Mancano poche partite alla fine del campionato regionale e il risultato è incerto: i Leoncini di Brescia sono in testa e i Cipo-K sono solo terzi in classifica. Tommi e i suoi possono ancora vincere, ma tutto sembra andare storto: Loris e Vlado sono sempre più prepotenti e la squadra dei 10&Lodi va alla grande... Chi la spunterà? 

Al ritorno dalle vacanze, le Cipolline vengono scombussolate da una notizia esplosiva: Champignon dovrà stare all'estero per un po' e suo fratello Jerome è già arrivato da Parigi per sostituirlo. Ma non è tutto... Spillo ha ricevuto un'offerta sorprendente: mollare la sua squadra e unirsi all'Accademia Blu. Che cosa deciderà? 

Finita l'estate, i ragazzi tornano a Milano e riprendono gli allenamenti. Ma il campionato alle porte si prospetta piuttosto difficile: dopo i battibecchi della stagione passata, infatti, Loris e la sua banda si sono staccati dai Cipo-K e hanno fondato una nuova squadra, la Kombattiva, dal nome della palestra del quartiere che la sponsorizza. L'allenatore Walter è riuscito ad arruolare giocatori molto forti, ma turbolenti e sleali. Si profila subito lo scontro tra due mondi: la tecnica e il fair play delle Cipolline contro la forza fisica e la scorrettezza dei Kappa. 

Le avventure, le sfide e i sogni dì un gruppo di ragazzi con una grande passione: il calcio! È arrivata l'ora della verità: le Cipolline sono a Parigi, dove disputeranno la finalissima della Champions Kids. Chi diventerà campione d'Europa: i ragazzi di Champignon o i tedeschi dell'Olimpo, che non hanno mai perso una partita? Tommi e i suoi amici in campo ce la metteranno tutta, ma soprattutto si divertiranno... perché chi si diverte non perde mai!

Ci sono grandi novità all'oratorio Giovanni XXIII. Champignon ha ritirato la punizione e ha concesso alle Cipolline di partecipare al nuovo campionato. A una condizione, però: tornare a giocare a sette! Dopo la sorpresa iniziale, per i ragazzi è giunto il momento di formare tre squadre... Quali nomi, quali colori e quali compagni sceglieranno? 

Il girone di ritorno della Champions Kids è cominciato! I ragazzi non vedono l'ora di battere gli avversari e risalire la classifica, ma le cose, in squadra, non vanno troppo bene: Tommi, Rafa e Teofano continuano a litigare e stanno creando non pochi problemi alle Cipolline... Riusciranno i tre attaccanti a fare pace prima che sia troppo tardi? E all'interno appuntamento con Gonzalo Higuaìn.

Manca poco all'inizio della Champions Kids, il campionato che porterà le Cipolline in giro per l'Europa. I ragazzi non vedono l'ora di scendere in campo, ma fin dalla prima partita si troveranno alle prese con un problema: Tommi non riesce più a fare gol, nemmeno a porta vuota... Per fargli tornare la magia nei piedi, servirà tutto l'aiuto dei suoi amici! E all'interno: appuntamento con Carlos Tévez. 

Finito il campionato e in attesa delle regionali, le Cipolline si apprestano ad affrontare alcune amichevoli, ma una grande novità sta per sconvolgere i loro piani: la fusione tra la squadra di Champignon e la sua avversaria di sempre, l'Akkademia Blu! La notizia crea scompiglio tra i ragazzi. Alla fine, per dirimere la questione e scegliere il nome della nuova formazione, si organizza un sondaggio nel quartiere.