Mancano poche partite alla fine del campionato regionale e il risultato è incerto: i Leoncini di Brescia sono in testa e i Cipo-K sono solo terzi in classifica. Tommi e i suoi possono ancora vincere, ma tutto sembra andare storto: Loris e Vlado sono sempre più prepotenti e la squadra dei 10&Lodi va alla grande... Chi la spunterà? 

Comincia il girone d'andata del campionato regionale e i Cipo-K partono bene, anche se nello spogliatoio riaffiorano spesso le antiche ruggini tra i compagni un tempo awersari. Come se non bastasse, qualche fallo di troppo commesso da Achille e le prese in giro di Joao dopo la vittoria dei Dieci e Lodi sui Cipo-K creano malumore tra i ragazzi. Il fiore rischia di perdere i suoi petali... Anche per questo Champignon decide di organizzare una vacanza in Spagna durante la sosta invernale. Le Cipolline torneranno insieme per sfidare Real Madrid e Barcellona a casa di Rafa. 

Finito il campionato e in attesa delle regionali, le Cipolline si apprestano ad affrontare alcune amichevoli, ma una grande novità sta per sconvolgere i loro piani: la fusione tra la squadra di Champignon e la sua avversaria di sempre, l'Akkademia Blu! La notizia crea scompiglio tra i ragazzi. Alla fine, per dirimere la questione e scegliere il nome della nuova formazione, si organizza un sondaggio nel quartiere.  

Le Cipolline al gran completo sono arrivate in Sicilia per festeggiare il matrimonio di Sabatino e Clementina. Tra le visite guidate, gli allenamenti in riva al mare, le partite con gli amici e i dolci squisiti, Tommi e i suoi compagni trascorreranno delle vacanze di Natale davvero speciali! Peccato che Spillo sia a dieta.

Il campionato regionale sta per cominciare e c'è già una sfida importante: la selezione dei giocatori per la nuova squadra. E poi le maglie... chi si aggiudicherà la mitica numero 9, quest'anno? Trovare una soluzione che non deluda nessuno è davvero difficile. Riusciranno i ragazzi di Champignon a restare uniti in un fiore solo e a non perdere petali?

Le Cipolline sono pronte a sfidare gli Squali nella Partita della Pace: dopo le scorrettezze di giugno, infatti, costate la divisione della squadra, non vedono l'ora di regalare a Champignon una partita spettacolare! Ma solo i giocatori migliori, scelti da una giuria d'eccezione, potranno scendere in campo... Chi entrerà nella rosa dei campioni? 

Finalmente Gaston Champignon è tornato dall'Africa! Insieme a lui c'è anche il figlio adottivo Issa, un ragazzino nato in Namibia dalla pelle scura e lo sguardo timido. Issa ha la stessa età delle Cipolline ma a calcio è un vero disastro... Mister Champignon, però, papà orgoglioso, non se ne rende conto e lo fa giocare comunque, con il risultato che tutti lo prendono in giro. Per fortuna una vacanza in montagna, a cui partecipa anche il mitico Spillo, aiuterà la nuova Cipollina a integrarsi nel gruppo.

Dopo il clamoroso errore di Issa nella finale di campionato, le Cipolline, che avevano già il titolo in pugno, devono giocarsi il grande spareggio con la rivale di sempre: l'Akkademia Blu. Per fortuna Sara si è finalmente ripresa dalla cotta per Angelo, il biondo numero 10 dell'Akkademia, e in campo torna a essere la tigre di sempre. Tommi, però, è bloccato fuori Milano per un imprevisto... Riusciranno i ragazzi di Champignon a battere Loris e i suoi compagni e a conquistare la tanto sognata coppa?

Il campionato cittadino a sette giocatori sta per terminare, e la notte che precede la finalissima è carica di attesa. Ma il cuore della contesa si gioca tutto in famiglia: Tommi e sua mamma Lucia, dirigente accompagnatore dei Cipo-gol, contro Donato, allenatore degli avversari. E quando il numero 9 trova per caso un foglio che riporta i trucchi tattici che suo papà adotterà per i Cipo-tigers, la proverbiale correttezza di Tommi viene messa a dura prova... Ma il gran giorno arriva più in fretta del previsto e i ragazzi scendono in campo.

Il campionato regionale si è concluso: dopo un'andata difficile, le Cipolline sono riuscite a riagganciare gli Squali e a batterli nella partita decisiva. Ma la vittoria ha fatto montare loro un po' troppo la testa... Infatti, durante una partitella estiva organizzata per la festa del quartiere, Tommi e i suoi amici commettono una serie di scorrettezze. Quando il cuoco-allenatore li scopre, la sua delusione è grande. Nasce così una vivace discussione, che vede ragazzi e genitori divisi tra chi è a favore e chi contro l'integrità di Champignon.

Al ritorno dalle vacanze, le Cipolline vengono scombussolate da una notizia esplosiva: Champignon dovrà stare all'estero per un po' e suo fratello Jerome è già arrivato da Parigi per sostituirlo. Ma non è tutto... Spillo ha ricevuto un'offerta sorprendente: mollare la sua squadra e unirsi all'Accademia Blu. Che cosa deciderà? 

Le Cipolline si sono divise in due squadre, Grappoli e Olive, e sono pronte a scendere in campo con una filosofia di gioco tutta nuova. Ma agguerriti rivali si profilano all'orizzonte: i Bravi di mister Martello, che ha convocato i bulli della ferrovia e ha formato uno squadrone da paura! Per Tommi e i suoi amici il campionato si annuncia più difficile che mai.

Champignon ha convocato Tommi e gli altri al "Petali in pentola" per una proposta da urlo: le Cipolline parteciperanno alla Champions Kids, un torneo a squadre in giro per l'Europa! C'è un solo problema: i posti sono limitati e una decina di ragazzi dovrà restare a casa... Per decidere chi partirà, la soluzione migliore è fare delle selezioni sul campo. Si comincia! 

Il girone di ritorno non poteva iniziare in modo peggiore: Loris, tornato in forma strepitosa dopo l'infortunio, ha già segnato una valanga di gol e i Bravi di mister Martello continuano a commettere scorrettezze... Per fortuna Olive e Grappoli sono più uniti che mai: tra allenamenti congiunti e schemi a sorpresa, i ragazzi sono pronti a contendersi le semifinali! 

Finita l'estate, i ragazzi tornano a Milano e riprendono gli allenamenti. Ma il campionato alle porte si prospetta piuttosto difficile: dopo i battibecchi della stagione passata, infatti, Loris e la sua banda si sono staccati dai Cipo-K e hanno fondato una nuova squadra, la Kombattiva, dal nome della palestra del quartiere che la sponsorizza. L'allenatore Walter è riuscito ad arruolare giocatori molto forti, ma turbolenti e sleali. Si profila subito lo scontro tra due mondi: la tecnica e il fair play delle Cipolline contro la forza fisica e la scorrettezza dei Kappa.