Nella pausa invernale del campionato, mister Champignon organizza una vacanza in Spagna sulla mitica Cipo-line, che porta tutti, attraverso la Provenza, a Barcellona e poi a Madrid. Quale migliore occasione per riunire le vecchie Cipolline? Durante il viaggio si dimenticano le rivalità di campionato: gli amici ritrovano l'allegria di un tempo e giocano alcune fantastiche amichevoli contro i vecchi amici di Rafa, che faceva parte del Real Madrid. 

Mancano poche partite alla fine del campionato regionale e il risultato è incerto: i Leoncini di Brescia sono in testa e i Cipo-K sono solo terzi in classifica. Tommi e i suoi possono ancora vincere, ma tutto sembra andare storto: Loris e Vlado sono sempre più prepotenti e la squadra dei 10&Lodi va alla grande... Chi la spunterà? 

Il campionato regionale sta per cominciare e c'è già una sfida importante: la selezione dei giocatori per la nuova squadra. E poi le maglie... chi si aggiudicherà la mitica numero 9, quest'anno? Trovare una soluzione che non deluda nessuno è davvero difficile. Riusciranno i ragazzi di Champignon a restare uniti in un fiore solo e a non perdere petali?

Finita l'estate, i ragazzi tornano a Milano e riprendono gli allenamenti. Ma il campionato alle porte si prospetta piuttosto difficile: dopo i battibecchi della stagione passata, infatti, Loris e la sua banda si sono staccati dai Cipo-K e hanno fondato una nuova squadra, la Kombattiva, dal nome della palestra del quartiere che la sponsorizza. L'allenatore Walter è riuscito ad arruolare giocatori molto forti, ma turbolenti e sleali. Si profila subito lo scontro tra due mondi: la tecnica e il fair play delle Cipolline contro la forza fisica e la scorrettezza dei Kappa. 

Finalmente Gaston Champignon è tornato dall'Africa! Insieme a lui c'è anche il figlio adottivo Issa, un ragazzino nato in Namibia dalla pelle scura e lo sguardo timido. Issa ha la stessa età delle Cipolline ma a calcio è un vero disastro... Mister Champignon, però, papà orgoglioso, non se ne rende conto e lo fa giocare comunque, con il risultato che tutti lo prendono in giro. Per fortuna una vacanza in montagna, a cui partecipa anche il mitico Spillo, aiuterà la nuova Cipollina a integrarsi nel gruppo.

Dopo il clamoroso errore di Issa nella finale di campionato, le Cipolline, che avevano già il titolo in pugno, devono giocarsi il grande spareggio con la rivale di sempre: l'Akkademia Blu. Per fortuna Sara si è finalmente ripresa dalla cotta per Angelo, il biondo numero 10 dell'Akkademia, e in campo torna a essere la tigre di sempre. Tommi, però, è bloccato fuori Milano per un imprevisto... Riusciranno i ragazzi di Champignon a battere Loris e i suoi compagni e a conquistare la tanto sognata coppa?

Tommi e i suoi amici sono in lotta per il loro primo scudetto aII. Issa, però, non ne combina una giusta e con i suoi errori sta facendo precipitare la squadra in fondo alla classifica. Come se non bastasse, Sara si è presa una cotta per il numero 10 dei Kappa, che l'ha convinta a lasciare la difesa... Riusciranno le Cipolline a superare tutte le difficoltà? 

Il campionato regionale si è concluso: dopo un'andata difficile, le Cipolline sono riuscite a riagganciare gli Squali e a batterli nella partita decisiva. Ma la vittoria ha fatto montare loro un po' troppo la testa... Infatti, durante una partitella estiva organizzata per la festa del quartiere, Tommi e i suoi amici commettono una serie di scorrettezze. Quando il cuoco-allenatore li scopre, la sua delusione è grande. Nasce così una vivace discussione, che vede ragazzi e genitori divisi tra chi è a favore e chi contro l'integrità di Champignon.

Champignon ha convocato Tommi e gli altri al "Petali in pentola" per una proposta da urlo: le Cipolline parteciperanno alla Champions Kids, un torneo a squadre in giro per l'Europa! C'è un solo problema: i posti sono limitati e una decina di ragazzi dovrà restare a casa... Per decidere chi partirà, la soluzione migliore è fare delle selezioni sul campo. Si comincia! 

Nella seconda parte del primo campionato a 11, le Cipolline sono in crisi! Durante una partita Tommi subisce un grave infortunio a un ginocchio e deve passare a Dante la fascia di capitano. Il periodo di inattività lo mette a dura prova, ma un giorno l'allenatore riesce a organizzargli un incontro con Filippo Inzaghi, che gli racconta di sé: anche lui ha subito un grave infortunio e pensava di non poter più giocare, invece non solo si è ripreso, ma ha addirittura segnato un gol fondamentale in Champions League!  

Le Cipolline non stanno più nella pelle: dopo un anno passato sul campo piccolo, torneranno finalmente al campionato a undici giocatori! I ragazzi si divertiranno a formare le nuove squadre e a scegliere maglie e allenatori. A rovinare l'atmosfera di festa, però, ci si metterà un misterioso gruppo di bulli... Resistere alle loro provocazioni sarà una vera impresa! Contiene un'intervista esclusiva a Gigi Buffon. 

Le Cipolline al gran completo sono arrivate in Sicilia per festeggiare il matrimonio di Sabatino e Clementina. Tra le visite guidate, gli allenamenti in riva al mare, le partite con gli amici e i dolci squisiti, Tommi e i suoi compagni trascorreranno delle vacanze di Natale davvero speciali! Peccato che Spillo sia a dieta.

È iniziato il girone di ritorno e Loris e i suoi compagni sono disposti a tutto pur di restare in vetta alla classifica. Anche a costo di provocare le Cipolline con scherzi di cattivo gusto... Ma la squadra di Champignon è più unita che mai, e decisa a superare tutte le difficoltà per riagganciare i minacciosi e scorretti Squali! 

Dopo dodici ore di volo, le Cipolline sono fi nalmente atterrate a Pechino! Tommi non vede l'ora di riabbracciare Egle, Dante di visitare tutta la città e Spillo di assaggiare l'anatra alla pechinese... Ma ci sarà anche da allenarsi, perché Timothy, l'amico di Egle, ha sfidato i ragazzi di Champignon sul campo: Cipolline contro International Tim!

Ci sono grandi novità all'oratorio Giovanni XXIII. Champignon ha ritirato la punizione e ha concesso alle Cipolline di partecipare al nuovo campionato. A una condizione, però: tornare a giocare a sette! Dopo la sorpresa iniziale, per i ragazzi è giunto il momento di formare tre squadre... Quali nomi, quali colori e quali compagni sceglieranno?