Le Radici del Cielo ha inizio a Roma nel 2033, una città ormai morta fatta solo di rovine. I suoi abitanti non sembrano ormai avere più niente di umano.

Alla periferia di Roma vivono i resti della Chiesa cattolica. Nelle catacombe di San Callisto vivono un centinaio di persone dello Stato Vaticano in una situazione di confusione e perdizione. Il Papa è infatti morto e il potere sembra ormai prendere quasi del tutto verso la parte laica di questa comunità. La famiglia Morii sembra infatti essere vicina alla piena detenzione del potere, una famiglia spietata e senza scrupoli.

Il cardinale Ferdinando Albani è riuscito ad ottenere da questa famiglia il permesso di effettuare una spedizione a Venezia. All'interno della basilica di San Marco sarebbe infatti disponibile un tesoro di inestimabile valore che il cardinale vorrebbe portare a Roma. In realtà però il cardinale Ferdinando Albani ha tutt'altro in mente. Sembra infatti che a Venezia viva il patriarca della città. Riuscire a portare il patriarca a Roma significherebbe poter di nuovo convocare un concilio per eleggere un nuovo Papa e fare in modo che il potere non vada nelle mani delle persone sbagliate.

Per riuscire in questa impresa il cardinale convoca John Daniels, un sacerdote americano che si trovava proprio a Roma il giorno della distruzione dell'intera città. John Daniels decide di seguire il cardinale in questa segreta missione.