Fra februar 1945 til Danmarks befrielse kom der omkring 250.000 tyske flygtninge til landet. De fleste kom med skib fra de østlige dele af Tyskland. Det var kvinder, børn og ældre mænd - mange var i en frygtelig forfatning, og dødstallet var højt. Danskerne ønskede ikke at hjælpe de slagne fjender. Den tyske besættelsesmagt måtte tage sig af dem.

Samme dag Danmark blev frit, ændrede situationen sig drastisk. Nu var de danske myndigheder tvunget til at tage sig af flygtningene, som var nødtørftigt indkvarteret i skoler, sportshaller, kollegier, forsamlingshuse og hoteller over hele landet. Danskerne ville af med dem. Jo før desto bedre. I sensommeren 1945 blev det klart, at de mange flygtninge ikke kunne sendes til Tyskland foreløbig. Herefter begyndte det kolossale og ømtålelige arbejde med at skabe rammer om flygtningenes liv og ophold i Danmark. På ubestemt tid.

Samtidig begyndte bestræbelserne på at få briterne, amerikanerne, russerne og franskmændene til at modtage flygtninge i deres besættelseszoner. Men i Tyskland herskede der kaos med millioner af flygtninge og med enorm bolignød, sult og arbejdsløshed. I november 1946 kunne de første flygtninge forlade Danmark. De sidste først i februar 1949.

DE UØNSKEDE fortæller for første gang hele historien. Fra Tysklands militære sammenbrud og den kaotiske masseflugt fra østområderne og den fremrykkende Røde Hær over modtagelsen og opholdet i Danmark til flygtningenes vanskelige tilbagevenden til efterkrigstidens Tyskland.